Культивування у колбі для струшування відрізняється від поверхневого культивування, коли клітини піддаються безпосередньому впливу високих концентрацій кисню. У культурах у струшувальних колбах клітини піддаються впливу низьких концентрацій кисню, оскільки мікроорганізми суспендовані в культуральному бульйоні.